Здравствуйте!
>Вопрос следующий, если установить скрипт на выделенный сервер (площадка на HETZNER) будет ли быстрее работать данная CMS в плане обработки и заполнения таблицы параметров сайтов в панели оптимизатора?
Смотря какие характеристики VPS сервера.
>Еще прошу пояснить, как настроить конфигурационные файлы, что бы скрипт работал на поддомене (поддомен.домен.ру).
для установки на поддомен не требуется дополнительных настроек проекта. Дополнительно настраивать требуется только в случае, если проект ставится в подкаталог, например:
http://mysite.com/seoproject/
