По порядку:
1. Хостинг от Reg.ru - VPS сервер на CentOS, ISPManager, настраивался вручную.
2. Происходит после добавления и сохранения строчки в указанном файле.
Сайт работает без сбоев, не "склеивал" www и без, т.к. при редиректе с www на главную страницу, к адресу добавляется
http://site.ru/index.php?wtpath=&wtquery= (это наверняка связано с записью в htaccess, но исправить "как надо" не вышло).
Не очень красиво получается, в итоге убрал редирект.
Вот мой htaccess:
DirectoryIndex index.php
Options -Indexes
Allow from all
<Files "*.htaccess">
order allow,deny
deny from all
</Files>
<Files ~ "php.ini">
Order allow,deny
Deny from All
</Files>
<Files "*.inc">
order allow,deny
deny from all
</Files>
<Files "*.tpl">
order allow,deny
deny from all
</Files>
<Files ~ "\.(htaccess|htpasswd|inc|dat|ini)$">
Deny from All
</Files>
RemoveHandler .html .htm
AddType application/x-httpd-php .php .htm .html .phtml .inc
AddDefaultCharset utf-8
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?wtpath=$1&wtquery=%{QUERY_STRING} [L]
ErrorDocument 400 /index.php?section=errordocument&errcode=400
ErrorDocument 401 /index.php?section=errordocument&errcode=401
ErrorDocument 403 /index.php?section=errordocument&errcode=403
ErrorDocument 404 /index.php?section=errordocument&errcode=404
php_flag magic_quotes_gpc 0
php_flag magic_quotes_runtime 0
Кажется это ваш изначальный, изменений не вносил.
На данный момент хотелось бы настроить нормально редирект на без www и главной страницей сделать страницу с инструментами.